如工业上，可以运用在工业发酵食品菌种上，如对酵母菌和乳酸菌的改良。此外，还可以对生产食品添加剂和加工助剂进行转基因技术改良。
在医学上，转基因技术同样运用非常的广泛。转基因技术能够应用于蛋白质多肽药物的生产，如生产胰岛素、干扰素、免疫球蛋白、人血红蛋白、粒细胞等等珍稀药物。还可利用动植物生产疫苗，像乙肝表面抗原基因，口蹄疫病毒蛋白基因，狂犬病病毒g蛋白基因等等。
在渔业上，同样可以利用转基因技术可以改善鱼类养殖性能,增强其抗寒抗病能力。根据相关报道和公开论文,已经有多种哺乳类动物和禽鸟类的相关基因被成功地转入到鱼类的基因组中,使转基因鱼的肌肉蛋白含量和饲料转换率明显提高，生长速度加快。
此外，技术人员还利用转基因技术培养观赏鱼，如近些年比较流行甚至泛滥的那种小热带观赏鱼，红色，绿色，蓝色颜色非常的丰富，甚至有一些呢还可以在夜间发荧光。这些鱼呢，并不是天然存在的，而是技术人员将一些发光水母和深海鱼类的基因转到这些鱼上，从而培育出来的全新品种。
在畜牧业上，同样的转基因技术也在大显身手。
它可以改良畜禽生产性状，通过转基因技术，可促进动物的生长速度，提高饲料的利用效率和缩短生长周期等。其次转基因技术的应用可以提高畜禽抗病能力。可将病原体致病基因的反基因导入畜禽体内，从而起到抗病作用。
最后则就是在环境保护上，一种就是吴浩他们正在做的，培育出来一些更好的耐旱，抗风沙，抗盐碱，耐贫瘠的植物，在干旱沙漠地区进行植树造林，防风固沙，改善环境。
另外呢，则就可以将某些植物或者细菌，微生物，吸收重金属和其它有毒元素的特点，将这些植物，细菌，微生物的相关基因提取出来，然后培育出来能够吸收重金属，有毒元素的超级植物，从而来治理这些污染地区，起到净化环境的作用。
说了这么多，好像转基因技术很完美，可以帮助我们人类解决各种问题，可以说是一项能够改变人类世界，甚至是人类文明的伟大生物技术。
可是，它随之带来的风险呢，也成为了学界，社会和民众普遍担忧的问题。
甚至部分国家和地区还设置禁令，严谨这类转基因植物和转基因技术的种植生产运用。
比如欧盟对转基因产品实行强制性标识制度，髪国下院通过了禁种转基因玉米案。还有一些国家直接禁止种植转基因作物，并且对于相关转基因作物进行严格限制流通等等。
人们之所以对于转基因技术如此担心，主要还是害怕转基因技术滥用所带来的严重生态灾难以及危险。
比如，很多人认为转基因技术本身还是存在一些目前还不能确证但却危害巨大的隐患，包括对地球生态环境和人类身体健康的威胁。
此外在生态方面，如果转基因作物的相关基因向亲缘野生种转移，就会污染到整个种子资源基因库，从而改变区域性植物基因，甚至是全球性植物基因，这将会对生态环境造成巨大危害。
并且，人类也是自然生态系统中的一部分，人们担心，这些转基因植物很可能还会危及到部分已植物喂食的动物基因，最终影响人类基因。