农民的衣、食、住、行均受封建政府严格限制，他们不得用棉、麻布以外的衣料做衣服，不得多吃大米，不得买饮酒茶，不得吸烟，不得建造与身份不符的房屋，
更不得随便迁移转换职业耕地禁止买卖，转让和分割，种植作物由官府统一规定，
为加强对农村的控制，各村实行“五家连坐”制，一家拖欠地租或犯禁，其余四家负连带责任，农民在残酷的封建剥削与压迫下，命运极其悲惨。
其中很多农民家庭的次子因为娶不起老婆，只能一辈子都给长子打工，生活比普通农民还要惨。
学派弟子们就是要带领倭国农民打破这些限制，他们自然而然就帮助明军，不然等那些武士回来就会拿他们开刀。
在此期间利用缴获自倭国大名的武器，招募那些农民的次子建立了明协军。
等到达京都的时候，明协军已经扩充至五万人，这些此子们参加了明协军后，可以每天都吃饱饭，活着也有了尊严，而且明军还给他们每人分了五十亩地。
这些明协军在学派弟子的带领下，不断的围剿溃散的武士，每个武士的人头，明军都会给予一亩地的奖励，这让明协军的战斗意志非常的高。
第二军在攻占长崎时，水师假装为来交易的商船，原先招安的海盗中，就有很多来过长崎，使得第二军轻而易举的就占领了长崎，
占领长崎后面对倭国的商人，明军提供各种采购订单，并且承诺只要他们交税就允许他们继续经商，来分化他们。
为了钱财这些商人主动带路提供补给，让第二军轻而易举的攻占了萨摩藩主城。在将萨摩藩彻底摧毁后，立即对九州岛实行土改，建立次子明协军。
原先在长崎俘获的商船也全部编入水师，其中就有来长崎进行贸易的一艘荷兰商船。
四月第一军在京都城下大战德川幕府，幕府的军队已经二十年没有打仗了，面对超越他们一个时代的明军，主动进攻的幕府军死伤惨重，随后被明军骑兵击溃本阵。
在京都决战的同时，第三军也顺利占领江户，彻底摧毁了德川幕府的统治，随后派出部队向京都进军，将溃逃的幕府军堵截在了名古屋，
攻克京都的第一军，放任明协军将京都彻底摧毁，倭国所谓的皇室也至此绝户，
击败幕府军后，明军开始对占领区内的武士大名以及官员，进行了全面的清剿，将男的全部送往辽东修铁路，女的则是许配给次子明协军。
在完成占领区的土改后，明军发动了对长州藩的进攻，在明协军的配合下，很快就击败了长州藩的抵抗，
对于倭国张宗贤采取和朝鲜一样的政策，将原有的统治阶级从物理上消灭，施恩穷苦百姓，而后进行移民同化。
避免明军陷入治安战中，用当地人来对付当地人。